Fleshgod Apocalypse была создана в апреле 2007 года и записала свой первый демо-альбом — «Promo '07» в 16th Cellar Studio с продюсером Стефано «Саул» Морабито. Демо был переиздан в следующем году совместно с другими итальянскими группами: Septycal Gorge, Modus Delicti и Onirik. В том же 2007 году Fleshgod Apocalypse подписала контракт с Neurotic Records. В начале 2008 года группа гастролировала по Европе совместно с Behemoth, Origin, Dying Fetus, Hate Eternal, Suffocation, Napalm Death и некоторыми другими.
В мае 2008 года группа записала свой первый полноценный альбом — «Oracles» (англ.)русск.. В декабре того же года группа решила прекратить сотрудничество с Neurotic Records и подписала контракт с Willowtip Records, который и выпустил «Oracles» в 2009 году. Вскоре после выхода «Oracles» группа немного изменила свой состав: Томасо Рикарди стал вокалистом и ритм-гитаристом группы, сменив Франческо Паоли, пересевшего на ударные.
В 2010 году был записан мини-альбом Mafia (англ.)русск. на 16th Cellar Studio и был выпущен на лейбле Willowtip Records. Данный альбом включает в себя четыре новых трека и кавер-версию трека «Blinded by Fear» группы At the Gates. В 2010 году Fleshgod Apocalypse устроила тур по России.
До 2010 года текущий барабанщик Fleshgod Apocalypse — Франческо Паоли ушёл из группы Hour of Penance, в коей был вокалистом и сосредоточился на Fleshgod Apocalypse. В ноябре 2010 года группа подписала контракт на мировое турне с лейблом Extreme Management Group и начала создавать материал для второго полноформатного альбома.
В мае 2011 года группа подписала контракт на турне по всему миру с лейблом Nuclear Blast. За это время в группу пришёл ещё один новый член — Франческо Феррини.
Группа выпустила свой второй альбом — Agony (англ.)русск. 9 августа 2011 года в Северной Америке и 19 августа 2011 года в Европе.
Fleshgod Apocalypse приняли участие в The Summer Slaughter Tour (англ.)русск. в 2011 году в Северной Америке, наряду с Whitechapel и The Black Dahlia Murder. Группа гастролировала по США с Decapitated в конце 2011 года. В январе 2012 года Fleshgod Apocalypse гастролировала по Великобритании с The Black Dahlia Murder и Skeletonwitch. В марте 2012 года Fleshgod Apocalypse гастролировала по Южной Африке при поддержке местных дэт-метал групп.
10 октября 2017 года было анонсировано, что вокалист Томмасо Риккарди покидает группу. Ударник Франческо Паоли возвращается на место вокала. Гитаристом приглашен Фабио Бартолетти из Deceptionist. В качестве ударника будет выступать Дэвид Фольчитто из Stormlord.
Осенью 2018 в официальных группах появилась информация о начале работ в студии над новым альбомом.
