Группа была основана ударником Дэйвом Чаварри в Нью-Джерси в 1998 году, изначально под названием El Niño. Первым составом группы стали Дэйв Чаварри (ударные), Лазаро Пина (бас-гитара), Ярдель Пайсанте (гитара) и Хорхе Розадо (вокал). В 1999 Ill Nino выпустили 4 демо-песни с Хорхе Розадо (ранее Merauder) на вокале и Кристиан Мачадо играл на басу. Уже в следующем году, Розадо и группа рассталась и Ill Nino начали искать нового вокалиста, но в итоге решили, что лучшим решением был Мачадо и также добавление друга детства Лазаро Пина на басу. Группа привлекла внимание Roadrunner Records и в 2001 выпустила дебютный альбом Revolution Revolución. Перед выходом альбома музыканты были вынуждены слегка изменить название группы, так как «Эль Ниньо» было уже занято. Группа проехала с туром по США и приняла участие в фестивале Оззи Осборна Ozzfest 2002.
В 2003 году Ill Niño выпустили второй альбом, Confession. Как и первый, он представлял собой альтернативный метал с вкраплениями музыки латино. Альбом попал в сотню самых продаваемых за год по данным рейтинга Billboard, всего было продано 110,000 копий за пять первых месяцев. Песня «How Can I Live» вошла в саундтрек фильма «Фредди против Джейсона» и была выпущена отдельным синглом. Тур в поддержку альбома был выпущен на DVD Live From the Eye of the Storm
Третий альбом, One Nation Underground, вышел в 2005 году. Его продажи были значительно менее успешными. Ill Niño заявили об уходе с Roadrunner Records, который, по их мнению, не уделял достаточного внимания их продвижению. Группа перешла на Cement Shoes Records. Однако Roadrunner в 2006 году ещё доиздал сборник хитов the Best of Ill Niño. В том же 2006 году группа выпустила мини-альбом the Under Cover Sessions с кавер-версиями песен Nirvana, Faith No More и Питера Гэбриела.
Четвёртый альбом Ill Niño был записан уже в 2007 году, но официально вышел только в марте 2008 года. За первую неделю было продано 5000 копий альбома, в результате чего он попал на 145 место в чарте Billboard. В поддержку альбома Ill Niño побывали с концертами в Европе, в Северной и Южной Америке. В январе 2009 года группа рассталась с Cement Shoes Records. Во время перерыва в деятельности группы большая часть музыкантов занялась продюсированием и звукозаписью в своих компаниях: Дэйв Чаварри в C.I.A. Management, Кристиан Мачадо и Лазаро Пина в Sound Wars Studios, Ару Ластер в Illustrious Productions. В отличие от коллег Диего Вердузо был занят в своём тату-салоне Artifact Tattoo.
В марте 2010 года Ill Niño подписали контракт с Victory Records. В октябре 2010 года вышел альбом Dead New World. В ноябре 2010 года был выпущен клип на песню Against The Wall. В январе-феврале 2011 года группа отправляется в тур по США, а в марте — в Австралию.
В феврале 2012 года группа начала запись шестого альбома. Альбом получил название Epidemia. 27 сентября 2012 года вышел сингл The Depression. 30 сентября 2012 года прошли съёмки клипа на песню La Epidemia, записанную совместно с вокалистом группы Emmure Фрэнки Палмери. Клип вышел 26 октября того же года. В сентябре-октябре 2012 года группа находилась в турне по США в поддержку нового альбома с группами Static-X и Emmure. Альбом Epidemia вышел 22 октября 2012 на Victory Records. На территории Европы альбом выпущен AFM Records 26 октября 2012 года. В декабре 2012 года группа выступила в Южной Америке и США. В марте-апреле 2013 прошла европейская часть турне. Осенью 2013 года Ill Niño выпустили клип на песню «Forgive Me Father» и в то же время из группы ушёл перкуссионист Даниэль Коуто, его место занял Оскар Сантьяго, до этого игравший в группах Puya и Ankla.
Седьмой альбом получивший название «Till Death, La Familia» вышел 22 июля 2014 года.
В 2019 году группа рассталась с четырьмя участниками: Кристианом Мачадо, Ару Ластером, Диего Вердузо и Оскаром Сантьяго. Новым вокалистом группы стал бывший вокалист группы Shattered Sun Маркос Лил, новыми гитаристами стали бывший гитарист Sons of Texas Джес Дохойос и бывший гитарист Upon a Burning Body Сэл Домингес, в то же время в группу вернулся перкуссионист Даниэль Коуто. В новом составе группа выпустила сингл Sangre.
