Six Feet Under поначалу имела статус стороннего проекта вокалиста Криса Барнса из Cannibal Corpse и гитариста Аллена Веста из Obituary. В 1995 году с экс-басистом Death Терри Батлером и барабанщиком Грегом Голлом они записали альбом Haunted. Поскольку состав не мог вызвать никаких подозрений, коллективу без труда удалось не только заключить контракт с Metal Blade, но и заполучить в своё распоряжение студию Morrisound и продюсеров Брайана Слэджела и Скотта Бернса. Дебютник содержал традиционный дэт-набор из брутальных риффов и «замогильных» текстов, но отличался от опусов Cannibal Corpse некоторой замедленностью темпа. Благодаря туру в поддержку пластинки тиражи её достигли 35000 экземпляров.
Некоторые вещи, записанные во время гастролей, попали на мини-альбом Alive and Dead, вышедший в 1996-м. Этот релиз также содержал парочку новых треков и кавер-версию Grinder Judas Priest. Между тем, отношения в первой команде Барнса накалились до предела, в результате чего тот расстался со своими коллегами-«каннибалами» и полностью посвятил себя новому проекту. Серьёзной студийной работой музыканты смогли заняться лишь в 1997 году, поскольку Вест был задействован на сессиях с Obituary.
Спустя некоторое время после выхода Warpath Аллен всё-таки расстался с Six Feet Under, а его место занял Стив Суонсон из другой дэтовой банды, Massacre. Появление нового гитариста благополучно отразилось на качестве продукции SFU, и следующий альбом получил очень хорошие отклики в металических кругах. Maximum Violence содержал такие полюбившиеся фанам вещи как No Warning Shot и Torture Killer, а тираж диска превысил стотысячный рубеж. В качестве промоушена последовало успешное турне в компании с Danzig, а также участие команды в 2000 Vans Warped Tour. Если на Maximum Violence присутствовала лишь одна чужая композиция (War Machine от Kiss), то в 2000 году команда решила записать целый альбом каверов, Graveyard Classics, куда вошли композиции таких коллективов как Scorpions, AC/DC, Black Sabbath, Exodus, Savatage, Venom, Accept, Angel Witch, Deep Purple,Sex Pistols, Dead Kennedys, Джими Хендрикса.
В следующем году Six Feet Under ещё больше удивили публику, позвав в качестве гостя на один из треков нового альбома рэппера Айс-Ти. Также на True Carnage впервые прозвучал смешанный дэт-дуэт Криса Барнса и Карин Крайзис из Crisis. Работа имела коммерческий успех в Европе, попав в чарты в Германии и Австрии.
Почти весь 2002 год команда провела на североамериканских и европейских гастролях, катаясь в компании с различными бандами, такими как Skinless, Marduk, Kataklysm и др. Когда музыканты вновь собрались в студии, им удалось записать один из самых успешных своих альбомов. Bringer of Blood включал в себя не только убойный заглавный трек, но и такие вещи, ставшие концертными фаворитами, как Amerika the Brutal, Murdered in the Basement и When Skin Turns Blue. На следующий год Six Feet Under вновь занялись каверизацией, но на этот раз довольно своеобразно — под маркой Graveyard Classics 2 они перезаписали весь альбом AC/DC Back in Black.
Весной 2005-го на свет появился новый студийник («13») с оригинальным материалом, ограниченное издание которого сопровождалось бонусным диском Live San Francisco 2002. Осенью того же года вышел бокс-сет A Decade in the Grave (4 CD + 1 DVD), в которые вошли лучшие треки, а также демо и концертные записи. Сделав небольшой перерыв, Six Feet Under вернулись к концертной деятельности, а весной 2007-го выпустили очередной альбом, Commandment.
24 декабря 2007 года группа на своём веб-сайте объявила, что в начале 2008 года отправится в студию для записи нового, восьмого по счёту, студийного альбома.Альбом Death Rituals был выпущен 11 ноября 2008 года.
1 февраля 2011 года Крис Барнс на официальном сайте SFU объявил о том, что басист Терри Батлер и барабанщик Грег Голл покинули группу.
Уже 3 февраля Крис Барнс сообщил о присоединении к SFU барабанщика Кевина Толли (Dååth, Decrepit Birth, Dying Fetus, Chimaira), а 27 февраля — о новом, втором гитаристе, Робе Арнолде (Chimaira).
14 февраля 2012 года на официальном сайте появилась долгожданная новость: состав SFU пополнил басист, достойный заменить Батлера. Этим музыкантом стал басист-виртуоз Джефф Хьюэлл (Brain Drill, Vile, Jeff Hughell), играющий на семиструнном басу Conklin.
В мае 2012, Six Feet Under заявили о принятии в свои ряды нового гитариста. Им стал швед Ола Инглунд (Feared, Scarpoint). Первое выступление Ола провёл с группой в рамках «18 Nights Of Blood Tour», заменив выбывшего участника Роба Арнольда (Chimaira).
В мае 2013 Кевин Толли уступает место за ударной установкой Марку Питруцелла (ex-Brain Drill).
