В конце 2002 года Марк Янсен покинул After Forever из-за творческих разногласий с остальным коллективом и стал собирать музыкантов для своего нового музыкального проекта.
Еще до ухода из After Forever он, вместе с Адом Слюйтером, гитаристом из группы Cassiopeia, организовал сайд-проект, тематика которого была основана на музыке к фильмам.
Кроме Ада Слюйтера, в новую группу, названную Sahara Dust, также вошли басист Ив Хутс из Axamenta, клавишник Кун Янссен и барабанщик Иван Хендрикс.
Вскоре место Ивана Хендрикса занял Деннис Лифланг из Within Temptation. Но и он пробыл в команде недолго, уступив место Йеруну Симонсу, барабанщику из группы Ада, Cassiopeia.
В начале 2003 года на место ведущей вокалистки группы Марк пригласил Хелену Михальсен из Trail of Tears, однако вскоре её сменила вокалистка Симона Симонс, девушка Янсена. Хелена Михальсен впоследствии основала проект Imperia.
Также в 2003 году название группы было изменено на Epica под впечатлением от альбома Epica группы Kamelot, фанатами которой являются все участники группы. Новое название группы имело 2 значения. Во-первых, это дань группе Kamelot, а во-вторых, Epica — это место во Вселенной, где можно найти ответы на все насущные вопросы. Это значение, которое идеально подходит к содержанию лирики группы.
Epica стала использовать в своей музыке хор из двух мужчин и четырёх женщин, а также струнный оркестр — три скрипки, два альта, две виолончели и контрабас.
Дебютный альбом группы, The Phantom Agony, вышедший в июне 2003 года, продюсировал Саша Паэт, известный по работе с такими коллективами как Angra, Rhapsody of Fire и Kamelot. По некоторым данным, хор, участвовавший в записи альбома, состоял из 6 мужчин и 6 женщин.
Альбом быстро стал популярным в Голландии, а затем и во всей Европе. В поддержку альбома было выпущено три сингла («The Phantom Agony», «Feint», «Cry For The Moon») и проведено полноценное турне.
Кроме того, Epica поучаствовала в ряде фестивалей, в том числе на немецком Wave Gotik Treffen, бельгийском Graspop и турецком Rock The Nations.
В сентябре 2004 года коллектив выпустил свой первый DVD, We Will Take You With Us, представляющий собой live-видео из студии.
Второй альбом группы, названный Consign to Oblivion и вышедший в 2005 году, был написан под влиянием культуры цивилизации майя и таких известных композиторов, пишущих музыку к фильмам, как Ханс Циммер и Дэнни Эльфман. В записи песни альбома принимал участие вокалист Kamelot Рой Хан (песня «Trois Vierges»). В ответ Симона Симонс снялась в промовидео «The Haunting» группы Kamelot. Кроме того, Epica (как группа поддержки) отправилась в тур вместе с Kamelot, продвигавшей свой альбом The Black Halo.
В сентябре 2005 года Epica создала третий альбом — The Score – An Epic Journey — саундтрек к голландскому фильму «Joyride».
В сентябре 2007 года Epica выпустила четвёртый альбом — The Divine Conspiracy. Это первый концептуальный альбом группы. Он завершает начатую ещё After Forever серию песен о религии The Embrace That Smothers. Концепция альбома посвящена мировым религиям. По словам музыкантов, этим альбомом они хотят донести до слушателя, что, несмотря на огромное количество верований в нашем мире, люди должны осознать, что суть всех религий в одном. В целом альбом можно охарактеризовать как намного более тяжёлый, но вместе с тем и более готичный. Возросла роль ударных, а гроулинг Марка Янсена присутствует почти во всех песнях.
16 декабря 2008 года гитарист Ад Слютер покинул группу. На своей странице в MySpace Ад оставил сообщение с причинами ухода из группы, одной из которых было отсутствие времени на сочинение музыки из-за плотного графика выступлений. В январе 2009 года ему была найдена замена в лице Исака Делахайе, ранее игравшего в группе God Dethroned.
4 марта 2009 года группа объявила о своём возвращении в студию, где уже начата запись новых песен. В апреле 2009 года было объявлено название нового альбома — Design Your Universe. Выход альбома состоялся 16 октября 2009 года.
9 марта 2012 года вышел пятый студийный альбом группы Requiem for the Indifferent.
24 марта 2012 года Ив Хутс сообщил об уходе из Epica. Его заменил Роб ван дер Лоо.
С 1 июля 2013 года группа приостанавливает концертную деятельность в связи с беременностью Симоны. 2 октября 2013 года Симона родила мальчика. Новорожденного назвали Винсент Дж. Палотай.
30 апреля 2014 концертная деятельность была возобновлена и началась с концерта, на котором группа представила публике новый альбом.
24 — 26 апреля 2015 группа вновь посетила Россию с концертами, которые прошли в Санкт-Петербурге (24.04), Москве (25.04) и впервые в Екатеринбурге (26.04).
30 сентября 2016 года состоялся релиз седьмого альбома групы под названием The Holographic Principle.
