В начале девяностых годов Мэттью, Доминик и Крис играли в разных коллективах в Тинмутской школе. Формирование Muse началось после того, как Мэттью Беллами стал гитаристом в группе Доминика Ховарда. Они попали в трудную ситуацию, когда их второй гитарист Phys Vandit решил уйти. Тогда они попросили своего близкого друга Криса Уолстенхолма научиться играть на бас-гитаре. С тех пор группа сменила большое количество названий, таких как: Gothic Plague, Carnage Mayhem, Fixed Penalty и Rocket Baby Dolls, прежде чем стать Muse (перечисление абстрактное, сведения в разных интервью отличаются друг от друга).
В 1994 году Muse выиграли местную «Битву групп», разрушив в процессе выступления своё оборудование. (Они были «единственной настоящей рок-группой».) Вскоре после этого они решили не поступать в университет, а погрузиться в музыкальную среду. Они сменили название на Muse и начали выступать в местных клубах вроде «The Cavern» в Эксетере.
После нескольких лет формирования столичной фан-базы Muse отыграли свои первые концерты в Лондоне и в Манчестере. Группа встретилась с Деннисом Смитом, владельцем Sawmills (звукозаписывающая студия в переоборудованной мельнице в Корнуолле, в Юго-Западной Англии), и заключила с ним контракт.
Эта встреча привела Muse к их первым настоящим записям и выпуску силами соумиллского лейбла Dangerous одноимённого EP с лицом Дома на обложке. Их второй EP Muscle Museum, выпущенный в январе 1999, включал две версии заглавной композиции и песни «Sober», «Uno», «Unintended» и «Instant Messenger». Релиз привлёк внимание влиятельного британского музыкального журналиста Стива Ламака. Ламак, также DJ на Radio One, первым поставивший Muse на национальном радио, вспоминает: «Это была одна из тех записей, которые не вписываются в рамки того, что звучит везде. Она немедленно получила прекрасные отклики слушателей».
Сами Muse, хоть и не отрицают влияния, изо всех сил стремятся утвердить свою самостоятельность. Беллами говорит: «Я много мотался по Европе после того, как закончил колледж. Хорошо подвергаться множеству влияний, помимо нескольких узких трендов, которыми довольствуется подавляющее большинство людей».
Позднее Деннис Смит основал музыкальную компанию Taste Media специально для Muse (группа осталась с ней на три первых альбома). Это было большой удачей для группы, так как позволило сохранить их индивидуальность звучания раннего периода карьеры. Вопреки успеху первых EP британские рекорд-компании отказывались поддержать Muse, будучи озабоченными тем, что звучание Muse напоминало Radiohead (времён The Bends).
Тем не менее американский лейбл Maverick Records организовал группе несколько выступлений в США, прежде чем подписать их в конце 1998 года. По возвращении группы в Великобританию Taste Media заключила сделки с различными лейблами в Европе и Австралии. К работе над первым альбомом Muse — Showbiz — был привлечён Джон Леки, который продюсировал вышеупомянутый The Bends, The Stone Roses и The Verve. Альбом отразил агрессивно-лиричный стиль группы, а его тексты содержали множество ссылок на трудности, которые им пришлось преодолеть, чтобы утвердиться в Тинмуте. После выхода альбома группа отправилась в тур на разогреве у групп Foo Fighters и Red Hot Chili Peppers.
С ноября 2000 г. Muse опять начали наведываться в студию вместе с продюсерами Джоном Корнфильдом и Полом Ривом. Сначала было записано три-четыре песни, но потом группа сменила продюсера, и помогал доделывать альбом уже американец Рич Кости.
Во время производства этого альбома музыканты экспериментировали с различными инструментами, такими, как церковный орган и меллотрон. В звуке было больше знаменитого фальцета Беллами, агрессивных гитарных линий и клавишных. На альбоме явно заметен переход от бури эмоций, которые наполняли предыдущий альбом Muse, к более взвешенным и тонким лирически-депрессивным настроениям. Наиболее вероятным представляется, что у Мэтта возникли проблемы с самоидентификацией в результате резко возросшей популярности. Известно лишь, что Мэтт осознавал то изменение звучания альбома, которое в итоге вышло, и очень переживал по поводу того, как его воспримут слушатели.
Maverick посчитали, что фальцет Беллами неблагоприятен для выпуска альбома на радио, и потребовал изменить некоторые песни для релиза альбома в США. Группа отказалась и оставила лейбл, из-за чего альбом был наконец выпущен в США только 20 сентября 2005, после того как Muse заключили контракт с Warner.
Muse выпустили концертный DVD, Hullabaloo, с записью двух последовательных концертов в Le Zenith в Париже в 2001 году. Выпущенный в то же время на двух CD альбом с тем же названием содержал бисайды и аудиозапись концерта в Le Zenith.
В феврале 2006 журнал Q поместил Origin of Symmetry на 74-ое место в списке 100 величайших альбомов планеты.
Absolution (продюсер Рич Кости) был выпущен в 2003 году и дебютировал на первой строчке британского чарта. Многие песни с этого альбома — «Time Is Running Out», «Hysteria», «Sing for Absolution», «Butterflies and Hurricanes» — стали хитами.
Альбом изначально планировалось записать поднимающим настроение, с мощным оркестровым сопровождением. Однако произошло несколько событий, в результате которых все сильно изменилось. Формально, если верить сайту MuseAndaMuse, причиной было нападение США и Британии на Ирак, что привело к решению группы сделать более апокалиптичное и трагичное звучание. Для этого были перемикшированы некоторые оркестровые партии с целью притушевать их и добавить драматичности. Более реальным является просто смена настроений Мэтта и непрекращающиеся депрессии. Кстати, в этот же период некоторые профессиональные музыкальные издания называют Muse «лучшим концертирующим рок-составом планеты», забыв на время первенство U2 в этой категории.
Muse отправились в свой первый тур по стадионам планеты длительностью около года, в течение которого музыканты посетили Австралию, Новую Зеландию, США, Канаду и Францию. Было выпущено пять синглов («Time Is Running Out», «Hysteria», «Sing for Absolution», «Stockholm Syndrome» и «Butterflies and Hurricanes»). Американская часть тура началась несколько неудачно, поскольку Беллами поранил себе лицо во время концерта в Атланте.
Muse стали хедлайнерами фестиваля Гластонбери в июне 2004. Беллами назвал этот концерт «лучшим живым выступлением в нашей жизни». Однако удача была омрачена тем, что отец Дома, Билл Ховард, присутствовавший на фестивале, умер от сердечного приступа сразу после окончания концерта. «Это было почти нереально, что час спустя его отец умер. Это казалось неправдоподобным. Мы потратили много времени, пытаясь поддержать Дома. Я думаю, его утешало то обстоятельство, что по крайней мере его отец увидел один из лучших моментов нашего творчества».
Muse вскорости возобновили свой тур. Они выиграли две награды MTV Europe, включая номинацию «лучшая альтернативная группа» и Q Award в номинации «лучший концерт». Группа завершила тур в январе 2005. 12 декабря 2005 был выпущен DVD Absolution Tour, содержавший съёмку лучших концертов от Гластонбери 2004 до концертов на London Earls Court, стадионе «Уэмбли» и в Wiltern Theatre в Лос-Анджелесе. Две песни, «Endlessly» и «Thoughts Of A Dying Atheist», были сняты на стадионе «Уэмбли». Единственная песня с альбома, которой нет на этом диске — «Falling Away With You», так как она никогда не исполнялась на концертах до настоящего времени.
2 июля 2006 г. Muse выпустила 4-й студийный альбом Black Holes and Revelations. Этот диск стал одним из самых успешных за всю историю группы: в первую же неделю продаж он разошёлся тиражом более ста тысяч экземпляров. Альбом был выпущен в Японии 28 июня 2006, в Европе 3 июля 2006 и в Северной Америке 11 июля 2006, и покорил вершины британского и многих других европейских чартов. В США альбом дебютировал на девятой строчке чарта Billboard 200. Black Holes and Revelations стал платиновым, будучи проданным в Европе более чем миллионным тиражом.
Первый сингл с альбома, «Supermassive Black Hole», был выпущен как звуковая загрузка 9 мая 2006 и сопровождался клипом, снятым Floria Sigismondi. 4 сентября 2006 был выпущен второй сингл, «Starlight». «Knights of Cydonia» был выпущен как сингл для радио в США 13 июня и в Великобритании 27 ноября 2006 года.
Тур группы начался с Северной Америки. После последнего из летних фестивалей начался тур по Европе, включавший большое количество выступлений на аренах Великобритании. Тур продолжился концертами в Австралии, Новой Зеландии и Юго-Восточной Азии в начале 2007 года и возвратился в Англию грандиозными концертами, первыми на восстановленном стадионе «Уэмбли» 16 и 17 июня. Оба концерта были записаны и вышли на альбоме HAARP, выпущенном 17 марта 2008 года в Великобритании и 1 апреля в США. Название взято от американской научно-исследовательской программы HAARP, изучающей возможность контроля над ионосферой.
В августе группа вернулась в США, где играла в Madison Square Garden в Нью-Йорке. В октябре они выступили в Лас-Вегасе вместе с Rage Against the Machine, Daft Punk, и Queens of the Stone Age. Тур был продолжен посещением России, где было дано два концерта в Москве и Санкт-Петербурге.
В 2008 также было дано много концертов. В марте группа выступила в Африке — Иоханнесбурге и Кейптауне, а также в Дубае. Muse сыграли на фестивале Рио Лисбоа 6 июня вместе с Kaiser Chiefs, The Offspring и Linkin Park.
В интервью, данном журналу «Rock Mag» в мае 2008 и опубликованном в июльском номере, Беллами подтвердил информацию о начале работы над новым альбомом. Часть песен должна была звучать в электронном или танцевальном ключе, часть — быть скорее симфонической или классической. Музыканты даже пригласили оркестр для записи. Также Мэттью заявил, что для достижения большей свободы в звучании они будут продюсировать альбом самостоятельно.
The Resistance был выпущен 11 сентября в Италии, Германии, Австралии и Бенилюксе, 14 сентября в Великобритании и 15 сентября в США и Канаде. Это — первый альбом, который был спродюсирован самой группой. Сведением занимался Марк Стент. За первую неделю была продана 451 тысяча копий альбома, что стало рекордом для группы и для Великобритании вообще в этом году. The Resistance дебютировал на первой строчке в чартах 19 стран и достиг третьей строчки в американском чарте. Это был лучший результат, чем у предыдущего альбома. Первый сингл, «Uprising», вышел неделей раньше.
К настоящему моменту выпущено четыре сингла из этого альбома — «Uprising», «Undisclosed Desires», «Resistance» и «Exogenesis: Symphony».
Resistance-тур группы начался концертом 22 октября 2009 года на Hartwall Arena в Финляндии. Объехав всю Европу за осенние месяцы, музыканты после новогодних праздников приняли участие в австралийском фестивале Big Day Out. В феврале-апреле Muse отправились в тур в Америке. После короткого отдыха, который завершится 25 мая небольшим концертом в Париже, начнется масштабный фестивально-стадионный летний тур группы, в рамках которого они станут участниками многих фестивалей, в том числе Rock in Rio, Coachella, Гластонбери-2010, Coke Live Festival. В обслуживании тура участвуют 320 человек. Также известно, что выступления будут проводиться на пирамидальной сцене размером около 60 м в ширину и 45 м в глубину.
17 мая вышел новый сингл под названием «Neutron Star Collision (Love Is Forever)». Эта песня стала саундтреком к новому фильму «Сумеречной Саги» «Сумерки. Сага. Затмение». Песня «Uprising» звучит в трейлере нового фильма Джеймса Мэнголда «Рыцарь дня», главные роли в котором исполняют Том Круз и Камерон Диас. А композиция «Exogenesis: Symphony Part I» звучит в рекламном трейлере нового аромата от Dior, Dior Homme, трейлер которого снял Гай Ричи.
Зимой и весной 2011 году Muse гастролировала по Латинской Америке, России и Украине. 20 мая 2011 года группа сыграла в Санкт-Петербургском СКК, 22 мая — в Москве, в спорткомплексе Олимпийский, 24 мая — в киевском Дворце Спорта.
В мае 2011 коллектив заявил о намерениях выпустить новый альбом в 2012 году, отметив, что Беллами уже демонстрировал Ховарду и Уолстенхолму первые идеи песен. В интервью для радио BBC Radio 1 бас-гитарист сообщил, что группа собирается начать запись нового альбома в сентябре 2011-го. Также они утверждают, что новый альбом будет не похож на предыдущие пять, «это будет что-то новенькое». В конце февраля на своей официальной странице в Твиттере группа выложила фотографию с записи нового альбома и подтвердила, что запись новой студийной пластинки идёт по плану и его выход ожидается осенью. Шестого июня 2012 на официальном канале YouTube появился трейлер шестого альбома, а в конце июня стало известно о том, что официальным гимном летних Олимпийских игр в Лондоне станет композиция «Survival», которая войдёт в новый альбом.13 июля группа представила треклист альбома. В интервью журналу New Musical Express группа объявила о выходе следующего сингла «Madness». 1 августа в официальном сайте была выложена обложка альбома. The 2nd Law был официально выпущен 1 октября 2012 года.
В апреле 2014 группа сообщила о скором начале работы над седьмым студийным альбомом. Альбом будет записываться с продюсером Маттом Лангом, и, по словам Беллами, вернётся к звучанию более ранних альбомов, в частности песни Citizen Erased с их второго альбома, избавившись от экспериментов последних двух альбомов. Темами альбома станут глубинная экология, эмоциональный разрыв и третья мировая война. В октябре того же года завершена первая сессия записи нового альбома. В начале 2015 на официальном аккаунте Instagram группы объявлено название нового альбома — Drones. Выход альбома запланирован на 8 июня 2015 года, а первого сингла, Dead Inside — на 23 марта, при этом 12 марта на канале YouTube группы опубликован первый трек альбома под названием Psycho.
В рамках турне в поддержку последнего альбома Drones 21 июня 2016 года группа Muse выступила с единственным концертом в Москве в СК «Олимпийский».
В феврале 2017 года Muse объявили о совместном туре с Thirty Seconds To Mars и PVRIS по Северной Америке. Говард подтвердил в своем Instagram, что группа снова в студии. А 5 апреля в социальных сетях была анонсировано скорый выпуск новой песни. 18 мая Muse выпустили новый сингл Dig Down. В интервью Беллами сказал, что Muse выпустят новый альбом в 2018 году. В феврале 2018 года вышел сингл Thought Contagion.