Группа была образована в 1980 году Куртом Вандерхуфом. Название Metal Church коллектив получил по прозвищу его квартиры в Сан-Франциско, в которой он со своими друзьями поклонялся металлу. Курт хотел принять в группу Ларса Ульриха (будущего ударника из Metallica), но тот уехал в Лос-Анджелес. Ничего особенного они не смогли сделать, и Курт вернулся в свой родной Абердин. Там в 1981 году он создал группу Shrapnel со своими школьными друзьями — Кирком Аррингтоном на барабанах, Майком Мерфи (вокал) и Крэйгом Веллсом на гитаре. Довершил формирование состава команды друг Кирка басист Дюк Эриксон. Вскоре Майк Мерфи ушел из Shrapnel и организовал свой проект Rogues Gallery. Обязанности вокалиста Крэйг возложил на своего друга Дэвида Уэйна.
Группа исполняла главным образом кавер-версии известных металлических коллективов. Ребята играли в различных барах, на свадьбах и …школьных танцах. В 1983 году Shrapnel переименовывается в Metal Church, и с этого момента начинается официальная история группы.
С 1984 года команда начинает записывать свой собственный материал. Первое выступление группы состоялось 4-го мая в абердинском D&R Theater, где она «разогревала» Rogues Gallery и Melvins. В этом же году Metal Church выпустила одноименный дебютный альбом на независимом лейбле Ground Zero. Диск имел хороший сбыт, и группу под своё крыло взяла Elecktra records. Воодушевленная команда отправилась в своё первое турне.
В 1986 году Metal Church выпустила второй альбом The Dark и отправилась на гастроли вместе с Metallica.
В 1987-м Курт перестал играть и записываться с группой, однако продолжил писать для неё композиции. На гитаре его заменил Джон Маршалл.
В 1989 году коллектив покинул Дэвид Уэйн, основавший свой сольный проект Reverend. Новым вокалистом стал Майк Хоу. Дэвид Уэйн умер в 2005 году в возрасте 47 лет.
В таком составе Metal Church выпустила Blessing in Disguise и отправилась в очередное турне.
В 1991-м продолжаются гастроли коллектива, и выходит новый диск The Human Factor. Тем временем Курт и Кирк основали проект Hall Aflame и выпустили на I.R.S. Records альбом Guaranteed Forever.
В 1993-м Metal Church выпустила очередной диск Hanging in the Balance и отправилась в тур в его поддержку. Однако, музыкальный климат в Америке изменился, внезапно металл перестал пользоваться спросом, и в результате группа была расформирована. Каждый из членов команды занялся своим делом.
В 1997-м Курт и Кирк совместными усилиями строят студию звукозаписи The English Channel. Чуть позже они формируют группу Vanderhoof, выпускают одноименный диск и отправляются в европейское турне с Savatage.
В 1998 бывшие члены Metal Church, включая Дэвида Уэйна, собрались вновь для записи Live, на котором были использованы недавно обнаруженные ленты периода расцвета группы в 80-х. В процессе работы над диском музыканты решили записать также новый студийный альбом. Но после первых сессий ушел Крэйг Веллс, а в команду вернулся Джон Маршалл.
В 1999-м Metal Church выпустила Masterpeace и на пару месяцев отправилась в европейское турне. Однако, Дюк и Кирк не смогли поехать с группой, и вместо них были взяты барабанщик Vanderhoof Джеф Уэйд и басист Брайен Лэйк.
В 2001 Дэвид Уэйн покидает группу, ссылаясь на творческие разногласия с коллективом. Под вывеской Wayne он выпускает сольный альбом, получивший название "Metal Church", что стало источником конфликта с Куртом Вандерхуфом.
В 2004 вокалистом Metal Church становится Ронни Манро, с которым группа записывает три альбома: The Weight of the World (2004), A Light in the Dark (2006), и This Present Wasteland (2008).
В 2009 группа была распущена.
В 2012 состоялся реюнион коллектива в составе 2009 года. Группа начала активно гастролировать, а также приступила к записи очередного альбома, который увидел свет в октябре 2013 г.
